L’insalubrité primitive du lieu pourrait justifier le rapprochement que l’on a fait avec la « morfondée », une maladie du cheval comparable à la morve. On n’identifie les propriétaires qu’au début du XVIIIème siècle, alors que le domaine devait être exploité depuis plusieurs siècles. En effet le 18 mai 1701, un premier acte de vente décrit le château comme une très grande maison au milieu de 28 hectares.

Il fut la possession de la famille de Chalabre jusqu’à la Révolution. Après avoir connu divers propriétaires durant les XIXe et XXe siècles, dont un éditeur parisien Charles-Louis Panckoucke, illustre libraire parisien célèbre pour avoir publié une importante collection bilingue des classiques de l’Antiquité.

En 1829,  Morfondé appartenait à Monsieur Guillon et était occupé par la Baronne de Rignon. Au début du XXème siècle, un châtelain nommé Hamon se faisait porter des brioches par les écoliers de Villeparisis. Depuis le château a appartenu à Louis Debrise, négociant en rhum et liqueurs à Saint-Denis, puis il fut acquis en 1937 par l’Armée du Salut qui en fit d’abord une maison de retraite, puis un centre d’apprentissage agricole, horticole pour jeunes garçons en difficulté.